Trong thời gian hoạt động, Chính phủ đã tiếp tục thực hiện các biện pháp, chính sách để giữ vững nền độc lập của nước Việt Nam dân chủ non trẻ. Về đối nội đã kêu gọi các đảng phái đoàn kết phụng sự quốc gia, thực hiện các chính sách kinh tế, quốc phòng, văn hóa, giáo dục...[2] Ngày 3/4/1946 Hồ Chí Minh thành lập Ban Trung ương Vận động Đời sống mới: bà Đoàn Tâm Đan, các ông Nguyễn Quang Oanh, Trần Huy Liệu, Dương Đức Hiền, Vũ Đình Hòe, Nguyễn Tấn Gi Trọng, Nguyễn Huy Tưởng, Đỗ Đức Dục, Phạm Biểu Tâm.[3]

Hồ Chí Minh giao cho Võ Nguyên Giáp và Trần Quốc Hoàn, sau này trở thành Bộ trưởng Công an, nhiệm vụ vô hiệu hóa các cuộc biểu tình do Việt Nam Quốc dân Đảng và Việt Nam Cách mệnh Đồng minh Hội tổ chức nhằm chấm dứt hoạt động tuyên truyền của các đảng này trong dân chúng. Võ Nguyên Giáp kể lại: "Chúng tôi phải trừng trị bọn phá hoại... Nhưng bằng mọi giá phải tránh khiêu khích và đảm bảo không xảy ra xung đột lớn". Võ Nguyên Giáp dùng lực lượng tự vệ và các hội viên Hội Cứu Quốc phá các cuộc biểu tình này. Khi có lộn xộn, lính Trung Quốc bắn chỉ thiên, xông vào giải tán đám biểu tình để vãn hồi trị an. Việt Nam Quốc dân Đảng hoảng hốt khi người Trung Hoa không giúp được gì nhiều trong việc chống lại Việt Minh như họ mong đợi. Ông Nguyễn Duy Thanh, một người theo chủ nghĩa quốc gia buồn rầu nhớ lại: "Không có Trung Hoa ủng hộ, những đảng phái theo chủ nghĩa quốc gia chẳng thể đối phó được với những người Cộng sản"[4]

Về đối ngoại chính phủ đã cử phái đoàn Việt Nam gồm 5 thành viên là chủ tịch Hồ Chí Minh, Bộ trưởng Bộ ngoại giao Nguyễn Tường Tam, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng Phan Anh, Chủ tịch kháng chiến ủy viên hội Võ Nguyên Giáp và Phó chủ tịch kháng chiến Ủy viên hội Vũ Hồng Khanh đàm phán với Chính phủ Pháp, ký với đại diện chính phủ Cộng hòa Pháp J. Sainteny bản Hiệp định sơ bộ Pháp-Việt ngày 6 tháng 3 năm 1946 cho phép 15.000 quân Pháp ra Bắc thay thế cho 20 vạn quân Tưởng rút về nước. Sau khi bản Hiệp định sơ bộ Pháp-Việt được ký ngày 6 tháng 3 năm 1946, các đảng phái không cộng sản và thân nước ngoài như Việt Quốc và Việt Cách đã lên tiếng phản đối Chính phủ ký hiệp định này với Pháp.

Tại phiên họp của Hội đồng Chính phủ ngày 11-3-1946, với sự tham dự của Vĩnh Thụy, Hội đồng đã quyết định cử một phái bộ sang giao hảo với Trung Hoa, trong đó có Vĩnh Thụy, Nghiêm Kế Tổ...

Nhận lời mời của Quốc hội Pháp, ngày 16-4-1946, phái đoàn Quốc hội nước Việt Nam Dân chủ Cộng hoà gồm 10 đại biểu do Phạm Văn Đồng, Phó Trưởng ban Thường trực Quốc hội làm Trưởng đoàn lên đường sang thăm nước Pháp. Đoàn đến Pari ngày 26-4-1946. Ngày 16-5-1946, phái đoàn Quốc hội kết thúc chuyến thăm nước Pháp.

Từ ngày 19 tháng 4 đến ngày 11 tháng 5 năm 1946[5] tại Đà Lạt, chính phủ tổ chức một hội nghị trù bị, gặp gỡ giữa 2 phái đoàn Việt và Pháp chuẩn bị cho Hội nghị Fontainebleau chính thức vào tháng 7 năm 1946 tại Pháp.[6] Song do phía Pháp cố giữ lập trường thực dân nên hội nghị không đạt được thỏa thuận nào.

Ngày 31-5-1946, theo lời mời của Chính phủ Pháp, Chủ tịch Hồ Chí Minh lên đường sang thăm nước Pháp. Trước khi đi, Hồ Chí Minh bàn giao quyền lãnh đạo đất nước cho Quyền Chủ tịch nước Huỳnh Thúc Kháng, Bộ trưởng Bộ Nội vụ, với lời dặn "Dĩ bất biến, ứng vạn biến". Trước khi lên đường sang Pháp, Hồ Chí Minh dự đoán thời gian ở Pháp "...có khi một tháng, có khi hơn"[7] nhưng cuối cùng Chủ tịch Hồ Chí Minh ở Pháp 4 tháng trong lúc phái đoàn do Phạm Văn Đồng dẫn đầu tham dự Hội nghị Fontainebleau (diễn ra từ 6 tháng 7 tới 10 tháng 9 năm 1946). Hội nghị Fontainebleau không đem lại kết quả cụ thể nào. Sau khi phái đoàn của Việt Nam về nước, tại Pháp, ngày 14 tháng 9 năm 1946, Chủ tịch Hồ Chí Minh ký với đại diện Pháp bản Tạm ước Việt - Pháp.

Ngày 15/6/1946, người lính cuối cùng của quân đội Trung Hoa Dân quốc rời khỏi Việt Nam.[8] Các thành viên Việt Nam Quốc dân Đảng và Việt Nam Cách Mệnh Đồng minh hội mất chỗ dựa hậu thuẫn chính là quân đội Tưởng Giới Thạch và do bất đồng về việc ký Hiệp định sơ bộ Pháp-Việt mùng 6 tháng 3 đã lần lượt rút khỏi chính phủ Liên hiệp.[cần dẫn nguồn] Lãnh tụ đảng Việt Cách là Nguyễn Hải Thần và các thành viên Việt Quốc - Việt Cách khác trong chính phủ như Nguyễn Tường Tam, Vũ Hồng Khanh và cánh thân Tưởng do Vũ Hồng Khanh lãnh đạo lưu vong sang Trung Quốc. Các đảng viên Đại Việt phần lớn vẫn ở lại Việt Nam chờ thời cơ.[9]. Nguyễn Tường Tam với tư cách Bộ trưởng Bộ ngoại giao dẫn đầu phái đoàn Việt Nam Dân chủ Cộng hòa tham gia Hội nghị trù bị tại Đà Lạt, nhưng do bất đồng đã không tham gia hầu hết các phiên họp[10], sau đó cũng không tham gia Hội nghị Fontainebleau, cuối cùng rời bỏ chính phủ[11] (tài liệu nhà nước nêu Nguyễn Tường Tam thiếu bản lĩnh chính trị, lập trường bấp bênh, biển thủ công quỹ rồi đào nhiệm sang nước ngoài[12]). Việc các thành viên chủ chốt của Việt Quốc, Việt Cách như Nguyễn Hải Thần, Nguyễn Tường Tam, Vũ Hồng Khanh rời bỏ chính phủ, lưu vong sang Trung Quốc đã đánh dấu chấm hết cho thời kỳ hợp tác giữa Việt Minh và các đảng phái không cộng sản tại miền Bắc, trong công cuộc "kháng chiến kiến quốc" mà Chính phủ Liên hiệp Kháng chiến là biểu tượng.

Trong lúc đó, Võ Nguyên Giáp vội vã từng bước tìm cách loại bỏ dần các đảng phái đối lập như Việt Quốc, Việt Cách, Đại Việt, những người Trotskist, lực lượng chính trị Công giáo... Ngày 19/6/1946, Báo Cứu Quốc của Tổng bộ Việt Minh đăng xã luận kịch liệt chỉ trích "bọn phản động phá hoại Hiệp định sơ bộ Pháp Việt mùng 6 tháng 3". Ngay sau đó Võ Nguyên Giáp bắt đầu chiến dịch truy quét các đảng phái đối lập bằng lực lượng công an và quân đội do Việt Minh kiểm soát với sự giúp đỡ của nhà cầm quyền Pháp. Ông cũng sử dụng các sĩ quan Nhật Bản trốn tại Việt Nam và một số vũ khí do Pháp cung cấp cho chiến dịch này.[8]

Một trong những sự kiện nổi tiếng nhất trong chiến dịch tiêu diệt các đảng phái đối lập là vụ án phố Ôn Như Hầu. Sau khi từ Trung Quốc về Việt Nam, Việt Nam Quốc dân Đảng ngoài việc tìm cách lật đổ Việt Minh để cùng với các đảng phái Việt Cách, Đại Việt... chiếm chính quyền.[13] Việt Nam Quốc dân Đảng và Đại Việt Quốc dân đảng nhờ có vũ khí do Trung Hoa Dân Quốc chuyển giao còn tổ chức các đội vũ trang mang tên "Thần lôi đoàn", "Thiết huyết đoàn", "Hùm xám"... Các đội vũ trang này đã tổ chức nhiều vụ cướp có vũ trang, bắt cóc, tống tiền, tổ chức ám sát những người theo Việt Minh và cả những người trung lập như ông Ba Viên rồi tuyên truyền đổ lỗi cho Việt Minh đã không đảm bảo được an ninh trật tự ở Hà nội và một số đô thị ở Bắc Bộ.[14] Không những thế đầu tháng 6 năm 1946, Việt Nam Quốc dân Đảng tổ chức cho Nghiêm Xuân Chi (đảng viên Việt Quốc) ám sát một số lãnh đạo của Việt Minh như Võ Nguyên Giáp, Trường Chinh và ông Bồ Xuân Luật, một người của Việt Cách nay đứng về phe Việt Minh.[15] Trước những hoạt động gây mất trật tự an ninh tại Hà Nội và một số thành phố ở Bắc Bộ, Sở Công an Bắc Bộ đã lập chuyên án mà sau này được lấy tên công khai là Chuyên án số 7 phố Ôn Như Hầu[14]

Ngày 12/7/1946, Việt Nam Công an vụ theo ý kiến chỉ đạo của Trường Chinh (Tổng Bí thư Đảng Cộng sản Đông Dương, khi đó rút vào hoạt động bí mật. Chức danh công khai là Hội trưởng Hội nghiên cứu Chủ nghĩa Mác ở Đông Dương), đã thực hiện phá vụ án phố Ôn Như Hầu. Chỉ đạo trực tiếp lực lượng công an phá vụ án này là các ông Lê Giản (Giám đốc Nha Công an Bắc bộ), Nguyễn Tuấn Thức (Giám đốc Công an Hà Nội) và Nguyễn Tạo (Trưởng nha Điệp báo Công an Trung ương).[16] Lực lượng công an xung phong đã thực hiện khám xét các trụ sở Việt Nam Quốc dân Đảng tại Hà Nội, bắt tại chỗ nhiều thành viên của Việt Nam Quốc dân Đảng cùng nhiều tang vật như truyền đơn, vũ khí, dụng cụ tra tấn, đồng thời phát hiện nhiều xác chết tại đó... Trong số các thành viên của Quốc dân Đảng bị bắt có một đại biểu Quốc hội Việt Nam khóa I là Phan Kích Nam. Theo điều tra của Nha công an, Việt Nam Quốc dân Đảng đang chuẩn bị những hành động khiêu khích rất nghiêm trọng. Dự định các thành viên của Việt Nam Quốc dân Đảng sẽ phục sẵn dọc đường quân Pháp diễu qua nhân ngày quốc khánh Pháp, bắn súng, ném lựu đạn để tạo ra những chuyện rắc rối giữa Pháp và Chính phủ, gây sự phá hoại hòa bình rồi tung truyền đơn hô hào lật đổ chính quyền và sau đó đứng ra bắt tay với Pháp.[9]

Trong ngày 12/7/1946, một tiểu đội công an do Lê Hữu Qua chỉ huy[17] bao vây khám xét trụ sở của đảng Đại Việt tại số 132 Duvigneau, do nghi ngờ Đại Việt cấu kết với Pháp âm mưu tiến hành đảo chính chính quyền cách mạng đúng vào ngày quốc khánh Pháp 14/7/1946.[16] Khi thực hiện cuộc bao vây khám xét này, lực lượng công an chưa có chứng cứ cụ thể và chưa có lệnh của cấp trên. Nhưng vẫn thực hiện bao vây khám xét để các thành viên Đại Việt không có thời gian rút vào bí mật và tẩu tán truyền đơn, hiệu triệu lật đổ chính quyền. Lực lượng công an đột kích bất ngờ vào sáng sớm khiến cho lính canh và các đảng viên Đại Việt không kịp có hành động trở tay.[17] Tại trụ sở của Đại Việt, lực lượng công an đã tìm thấy nhiều truyền đơn, hiệu triệu chưa kịp tẩu tán cùng nhiều súng ống, lựu đạn.

Ngày 16 tháng 7, quyền chủ tịch nước Huỳnh Thúc Kháng đã có tuyên bố trấn an dư luận: "Những đảng viên Việt Nam Quốc dân Đảng chân chính, được bảo đảm sự tự do hoạt động trong vòng pháp luật...Những kẻ bắt cóc, tống tiền, ám sát thì phải đem ra pháp luật nghiêm trị. Đây không phải là vấn đề đảng phái. Việc khám xét vừa rồi là việc phải làm để bảo vệ trị an...".[18]

Theo quy định của luật pháp thì Phó Chủ tịch nước và bộ trưởng do Quốc hội bầu, và chỉ phế truất bởi Quốc hội theo thủ tục quy định của pháp luật.[19] Trong phiên điều trần trước Quốc hội kỳ họp thứ hai liên quan Tạm ước và một số thành viên rời Chính phủ, Hồ Chí Minh có nói:

Tạm ước này có ảnh hưởng tới các hiệp ước ký sau không? Trong xã hội loài người, có cái gì mà không ảnh hướng tới cái khác. Tuy vậy, những sự điều đình sau đây không thể vì bản tạm ước này mà bị ràng bó. Bản Tạm ước này tùy theo sự thi hành thế nào, sẽ tạo điều kiện đẩy cho những cuộc điều đình sau mau chóng đạt kết quả.Về ông Phó Chủ tịch Nguyễn Hải Thần, ông Bộ trưởng Ngoại giao Nguyễn Tường Tam, ông Phó Chủ tịch Quân ủy hội Vũ Hồng Khanh, các ông ấy không có mặt ở đây. Lúc Nhà nước đương gặp bước khó khăn, quốc dân tin ở người nào trao người ấy làm công việc lớn mà các ông ấy lại bỏ đi thì các ông ấy phải hỏi lương tâm thế nào? Những người đã bỏ việc đi kia, họ không muốn gánh vác việc nước nhà hoặc họ cũng không đủ năng lực gánh vác, nay chúng ta không có họ ở đây chúng ta cũng cứ gánh vác được như thường[20].

Dù vậy một số thành viên của Việt Quốc, Việt Cách như Chu Bá Phượng, Bồ Xuân Luật vẫn tiếp tục tham gia Chính phủ, kể cả khi lên Việt Bắc. Trương Đình Tri vẫn tiếp tục tham gia chính phủ sau vụ án Ôn Như Hầu[21]. Tại kỳ họp thứ hai Quốc hội, vẫn có 37 đại biểu Việt Quốc, Việt Cách tham gia.